GUIから夜間モードの操作をする。

gnome-control-center display
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これで夜間モードの設定画面が開く。

コマンドから夜間モードを有効にする。

gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.color night-light-enabled true
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これでONになり、

gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.color night-light-enabled false
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これでOFFになる。ショートカットキーにも割り当てておけば便利かもしれない。

どうしても夜間モードが効かない場合は？

ログアウトして再度ログインする。これでデスクトップが起動し直され、夜間モードが正常に機能する。